В 2001 году назначен директором НИИ кардиологии Минздрава России (позднее — ФГУ «НИИ кардиологии им. В. А. Алмазова», ФГБУ «Федеральный Центр сердца, крови и эндокринологии им. В. А. Алмазова», ФГБУ «Федеральный медицинский исследовательский центр имени В. А. Алмазова», ФГБУ «Северо-Западный федеральный медицинский исследовательский центр им. В. А. Алмазова» Минздрава Росси, ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр им. В. А. Алмазова» Минздрава России).
С 2001 года является главным кардиологом Санкт-Петербурга, с 2002 года — главным внештатным специалистом-кардиологом Минздрава России по Северо-Западному федеральному округу, а с 2018 года — по Северо-Западному, Приволжскому, Северо-Кавказскому и Южному федеральным округам.
С 2004 года – Заслуженный деятель науки Российской Федерации за заслуги в разработке приоритетных направлений.
В 2010 году вошел в состав рабочей группы экспертов Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ).
С 2011 года – президент Российского кардиологического общества.
В 2014 году за научные результаты в области изучения патофизиологии сердечно-сосудистой системы присуждено звание Академика Российской академии наук.
В апреле 2020 года возглавил Межведомственную медицинскую рабочую группу при Межведомственном совете по противодействию распространению в Санкт-Петербурге новой коронавирусной инфекции (COVID-19), которая работает над решением наиболее актуальных вопросов организации медицинской помощи пациентам всех профилей совместно с экспертным сообществом, Комитетом по здравоохранению Санкт-Петербурга, Росздравнадзором и Роспотребнадзором.
27 апреля 2020 года назначен советником губернатора Санкт-Петербурга по вопросам здравоохранения.
В мае 2020 года Законодательным Собранием Санкт-Петербурга избран Почетным гражданином Санкт-Петербурга. Награда является высшим почетным званием города, которое присваивается гражданам, внесшим выдающийся вклад в развитие Санкт-Петербурга, повышение его роли и авторитета в России и на международной арене, в укрепление демократии и защиты прав человека, а также в науку, искусство, духовное и нравственное развитие общества.